從色譜原理上分類，離子色譜屬液相色譜的一種，但由于離子色譜與普通高效液相色譜在結構和分析對象上有一些差異，一般作為獨立的一個色譜大類考慮。離子色譜與高效液相色譜的差別主要體現(xiàn)在儀器結構和應用范圍兩個方面。

1、在儀器結構方面
離子色譜和高效液相色譜均有溶劑輸送系統(tǒng)、進樣系統(tǒng)、檢測系統(tǒng)和信號記錄和處理系統(tǒng)，但由于離子色譜和高效液相色譜所用的流動相不同，因而檢測方式及信號處理也不同，在各部件上有一些差別。
離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，要求系統(tǒng)可以耐酸、耐堿，因此通常離子色譜裝置采用非金屬材質。例如：采用聚醚醚酮（PEEK）塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作為檢測器，外接管路等。由于加工和強度方面的差異，一般情況下全塑的材料在耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。
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